Добрый день.
Цитата: После выплаты отпускных - 26 октября 2020 г. происходит отзыв сотрудника из отпуска, по соглашению сторон
То есть отпуск у работника даже не успел начаться? Но тогда это не отзыв, а отмена (перенос) отпуска.
Цитата: работник добровольно изъявляет согласие на удержание полной суммы выплаченных отпускных (1740 руб.) из зарплаты за октябрь 2020 г. , выплаченной – 10.11.2020 г.
Я бы предложила подписать с работником соглашение (или получить от него заявление) о том, чтобы сумму, выплаченную изначально как отпускные, признать вторым авансом за октябрь.
Цитата: 10.11.2020 г. организация выплачивает работнику зарплату за октябрь 2020 г. в сумме 11 310 руб. ((15 000 – 13%) – 1740)
А первого аванса (зарплаты за первую половину месяца) не было разве?
Цитата: и перечисляет НДФЛ в сумме 1950 руб. (15 000*13%) без уменьшения на сумму ранее перечисленного НДФЛ (26.10.2020 г.) - 260 руб.
Да, всё верно, потому что если считать выплаченную сумму зарплатой за октябрь, то оснований для удержания НДФЛ не возникает до момента её начисления (окончания месяца). Таким образом, 260 рублей становятся ошибочно перечисленным в бюджет платежом (не являющимся НДФЛ) и вам можно написать в ИФНС заявление о возврате (или зачёте в счёт уплаты других платежей).
В 6-НДФЛ и 2-НДФЛ эти 260 рублей как налог указывать не нужно.